董界

admin 发表于 2015-11-24 10:49

1. 个人基本情况:

董界 2014级博士研究生,籍贯湖北宜城。

2008-2012 中南大学药学院, 学士

2012-2014 中南大学药学院,硕士

2014-今 中南大学药学院,博士

邮箱:biomed@csu.edu.cn


2. 专业技能

药物设计研究 熟练掌握基于配体的药物设计(分子操作、分子相似性、定量构效关系QSAR研究、虚拟筛选等)、基于受体的药物设计(分子对接等),利用这些技术进行药物开发研究,包括:靶点筛选、活性预测、ADMET性质评估、先导化合物产生与优化。
人工智能与数据挖掘 熟悉常用统计学与机器学习算法(PLS, RF, SVM, DT, KNN等),并能够应用到药物靶点发现、药物分子设计、药代动力学建模预测以及计算医学等相关领域。通过编程技术和算法挖掘大数据,在海量数据中快速筛选具有生物活性的先导化合物,以及实现对复杂疾病系统的快速诊断和评估。
交叉学科技能 熟悉利用化学信息学和生物信息学手段解决交叉学科中的特定问题,例如天然产物靶点预测、中药多靶点机制研究、影像组学数据分析、小分子探针理论计算等应用场景。
计算机技术与应用 熟悉和掌握HTML, CSS, JavaScript, PHP, SQL, Python等编程语言,能利用这些技术进行内容管理系统开发、数据库设计与应用、网络分析计算平台构建、科学软件包和工具开发。


3. 研究方向

●  基于人工智能系统和系统药理学的计算机辅助分子设计研究;
● 系统生物学和药物发现过程中软件、Web服务及数据库的开发;
● 基于结构的虚拟筛选方法的开发;
● 成药性理论预测模型和方法的研究。


4. 主持项目

主持 2016年湖南省研究生科研创新项目:基于化学生物学方法的药物与靶点相互作用预测平台的构建;编号:CX2016B058


5. 会议交流

● 2017年11月参加第十四届全国计算(机)化学学术会议,地点:南京大学,墙报和口头报告

报告题目:TargetNet: 多靶点QSAR预测潜在的药物-靶点相互作用的在线计算平台
● 2016年7月参加中国化学会第30届学术年会,地点:大连理工大学,墙报交流;
● 2016年10月参加华中地区药物化学学术会议暨国际药学前沿科学研讨会,地点:武汉大学;
● 2015年7月参加第十三届全国计算(机)化学学术会议,地点:中山大学,墙报交流;


5. 近期文章:

[1] Dong J, Cao D S, Miao H Y, et al. ChemDes: an integrated web-based platform for molecular descriptor and fingerprint computation[J].Journal of Cheminformatics, 2015, 7(1): 1-10. (JCR一区,IF:4.22)

[2] Dong J, Yao Z J, Wen M, et al. BioTriangle: a web-accessible platform for generating various molecular representations for chemicals, proteins, DNAs/RNAs and their interactions[J]. Journal of Cheminformatics, 2016, 8(1): 1-13. (JCR一区,IF:4.22)

[3] Dong J, Yao Z J, Zhu M F, et al. ChemSAR: an online pipelining platform for molecular SAR modeling[J]. Journal of Cheminformatics, 2017, 9(1): 1-13. (JCR一区,IF:4.22)

[4] Dong J, Wang N N, Liu K Y, et al. ChemBCPP: A freely available web server for calculating commonly used physicochemical properties[J]. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 2017, 171: 65-73(JCR一区,IF:2.22)

[5] Wang N N*, Dong J, Deng Y H, et al. ADME properties evaluation in drug discovery: prediction of Caco-2 Cell permeability using a combination of NSGA-II and boosting[J].Journal of Chemical Information and Modeling, 2016, 56(4): 763-773. (JCR一区,IF:3.76)

[6] Yao Z J*, Dong J*, Che Y J, et al. TargetNet: a web service for predicting potential drug-target interaction profiling via multi-target SAR models[J].Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016, 30(5): 413-424.(JCR一区,IF:3.02)

[7] Dong J, Liu S, Zhu X L, et al. Ti-AI intermetallic compound membrane refining Chinese medicinal materials extract[J]. Journal of Chinese Medicinal Materials, 2014, 37(9): 1673-1675. (CSCD核心期刊)

[8] Cao D S, Dong J, Wang N N, et al. In silico toxicity prediction of chemicals from EPA toxicity database by kernel fusion-based support vector machines[J]. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 2015, 146: 494-502. (JCR一区,IF:2.22)

[9] Wang N N, Huang C, Dong J, et al. Predicting human intestinal absorption with modified random forest approach: a comprehensive evaluation of molecular representation, unbalanced data, and applicability domain issues[J]. RSC Advances, 2017, 7(31): 19007-19018. (JCR二区,IF:3.10)

[10] Gao T, Cao X, Dong J, et al. A novel water soluble multifunctional fluorescent probe for highly sensitive and ultrafast detection of anionic surfactants and wash free imaging of Gram-positive bacteria strains[J]. Dyes and Pigments, 2017, 143: 436-443. (JCR一区,IF:3.47)

[11] Yang S, Gao T, Dong J, et al. A novel water-soluble AIE-based fluorescence probe with red emission for the sensitive detection of heparin in aqueous solution and human serum samples[J].Tetrahedron Letters, 2017, 58(37): 3681-3686. (JCR二区,IF:2.19)

[12] Wang N N, Deng Z K, Huang C, Dong J, et al. ADME properties evaluation in drug discovery: Prediction of plasma protein binding using NSGA-II combining PLS and consensus modeling[J].Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 2017, 170: 84-95. (JCR二区,IF:2.22)

[13] Wang Y, Huang J J, Zhou N, Dong J, et al. Incorporating PLS model information into particle swarm optimization for descriptor selection in QSAR/QSPR[J]. Journal of Chemometrics, 2015, 29(12): 627-636. (JCR二区,IF:1.87)

[14] Gao T, Cao X, Ge P, Dong J, et al. A self-assembled fluorescent organic nanoprobe and its application for sulfite detection in food samples and living systems[J].Organic & Biomolecular Chemistry, 2017, 15(20): 4375-4382. (JCR一区,IF:3.56)

[15] Cao D S, Deng Z K, Zhu M F, Dong J, et al. Ensemble partial least squares regression for descriptor selection, outlier detection, applicability domain assessment, and ensemble modeling in QSAR/QSPR modeling[J]. Journal of Chemometrics, 2017, 31(11): e2922. (JCR二区,IF:1.88)

[16] Gao T, Yang S, Cao X, Dong J, et al. Smart self-assembled organic nanoprobe for protein-specific detection: design, synthesis, application, and mechanism studies[J]. Analytical Chemistry, 2017, 89(18): 10085-10093. (JCR一区,IF:6.32)

[17] Bi A, Gao T, Cao X, Dong J, et al. A novel naphthalimide-based probe for ultrafast, highly selective and sensitive detection of formaldehyde[J]. Sensors and Actuators B: Chemical, 2018, 255(3): 3292-3297. (JCR一区,IF:5.40)



6. 获得荣誉


2016年度拔尖博士生校长奖学金(全校共16名);

2016年度中南大学“ 十佳”优秀博士(全校共 10名);

2016年度研究生国家奖学金;

2017年度中南大学卢惠霖奖励金;

2015年获得中南大学“ 年度最优班长”称号;

● 2015年度中南大学卢惠霖奖励金;

● 2015-2016年中南大学“优秀研究生干部 ”;

● 2014-2015年中南大学“优秀研究生干部 ”;

● 中南大学药学院2013-2015年度“ 优秀共产党员”;

● 2012年获中南大学“ 感恩为先”征文一等奖;

● 2012年获湘雅医学院“ 感恩为先”征文一等奖;

● 2009-2010获中南大学团委“ 优秀干事”称号;

● 2009-2010学年度获中南大学“ 优秀团干”称号;

● 2009-2010学年度获中南大学湘雅医学院“ 德、智、体 综合测评”单项奖;

● 2009年获中南大学湘雅校区“ 雷锋精神演讲”优胜奖;

● 2009获中南大学马列学习“ 先进个人”称号;

● 2008-2009学年度获中南大学湘雅医学院“ 德、智、体 综合测评”三等奖学金;

● 2008-2009学年度获中南大学“ 优秀学生干部”称号;



7. 代表成果

内容

ChemDes: http://www.scbdd.com/chemdes

ChemSAR: http://chemsar.scbdd.com

PyNetSim: http://pynetsim.scbdd.com

ChemBCPP: http://chembcpp.scbdd.com

BioMedR: http://bioconductor.org/packages/BioMedR/

BioTriangle: http://biotriangle.scbdd.com

TargetNet: http://targetnet.scbdd.com

ADMETlab: http://admet.scbdd.com

HAMDB: http://hamdb.scbdd.com

GPCRnet:http://gpcrnet.scbdd.com

说明

综合性在线描述符计算平台

模块化在线建模分析平台

网络节点相似性在线计算

小分子基本理化性质计算平台

R环境下综合性描述符计算包

在线小分子、蛋白质、DNA/RNA关系对表征

预测潜在药物-靶点相互作用

在线药物ADMET性质系统评估

人类自噬相关数据库

预测小分子与GPCR蛋白相互作用