» ChemDes: 分子描述符计算平台

ChemDes： ChemDes是一个免费的分子描述符和分子指纹在线计算平台。它整合了CDK， RDKit，PaDEL，Chemopy， Pybel，BlueDesc, JCompoundMapper这些化学信息学计算软件包中与分子描述符和分子指纹相关的相关功能，形成一个整合的即时的计算平台。目前涵盖了3,679种分子描述符和59种分子指纹。 这些描述符广泛应用在QSAR，虚拟筛选，排序，药物ADME/T预测等等药物开发过程中。

»ProtrWeb: 基于R语言的蛋白质描述符计算平台

ProtrWeb: ProtWeb 是ProtR的web版本，protr提供一套完善的蛋白质、多肽的氨基酸序列表征方案。目前，ProtWeb作为protr的Web版本，可以计算12个组别的9920种常用的蛋白质序列描述符。这些结构与物理化学描述符在研究蛋白质结构和功能方面有着越来越深入的应用，包括蛋白质结构和功能分类预测，蛋白质亚细胞定位预测，蛋白-蛋白相互作用预测以及蛋白质与配体相互作用预测等领域。

»TargetNet: 基于多靶点QSAR的靶点预测平台

TargetNet: TargetNet 是一个开放的网络服务器，我们可以用它来捕获和预测给定小分子与多个药物靶点的相互作用。TargetNet使用公共数据库BindingDB获取109,061 个化合物，以及相关的623个药物靶点。化合物和靶点之间有多达115257个作用关系。利用这些数据使用FP2指纹表征化合物，使用随机森林方法对每个靶点构建QSAR模型。TargetNet 提供所有模型的包括精度、灵敏度、特异性、AUC、MCC和f值。用户使用TargetNet可以得到所输入化合物在623个模型中的表现，并且对结果进行排序。以此预测化合物的潜在作用靶点。TargetNet的预测结果可以广泛应用在基于配体的药物设计，药物靶点开发，药物重定向，药物毒副作用分析等药物研究领域。

» BioTriangle: 一个涵盖多种工具的分子表征计算平台

BioTriangle: 建立一个强大的预测模型的一个关键问题就是如何利用一种或者一些分子描述符表征需要研究的分子，比如小分子，蛋白质，DNA/RNA，甚至是复合物。BioTriangle是一个涵盖多种工具的分子表征计算平台，它能够表征各种各样的小分子，生物大分子，复合物以及相互作用样本，例如药物分子，蛋白质，DNA/RNA以及他们之间的相互作用。BioTriangle能够计算9种类型的特征，包括小分子描述符和分子指纹，蛋白质与氨基酸序列特征，DNA/RNA一级结构的组成和物理化学性质，化合物-化合物相互作用，蛋白-蛋白相互作用，DNA/RNA-DNA/RNA相互作用，化合物-蛋白相互作用，化合物-DNA/RNA相互作用，蛋白-DNA/RNA相互作用。我们推荐使用BioTriangle来表征上述特征和相互作用。我们期望BioTriangle能够较好地应用在系统生物学中各种分子数据的结构，功能以及相互作用研究方面。